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Genómica e Proteómica


Área Científica: Biologia e Bioquímica
Ano: 3º
Semestre: 1
Créditos: 6 ECTS
Horas de contacto: 30 T, 30 PL, 4 OT

Objectivos/Competências adquiridas:

Compreender a estrutura de genomas eucariotas e procariotas, a construção de mapas físicos, o sequenciamento e análise de genomas inteiros.
Conhecer as principais técnicas de comparação de genomas, construção de bibliotecas de cDNA, metodologias de deteção de transcritos e estudo da expressão diferencial de transcritos.
Conhecer as principais técnicas de análise e deteção de proteínas nomeadamente: electroforeses 1D e 2D, electroforeses em condições nativas ou desnaturantes e técnicas cromatográficas.
Compreender os diferentes métodos de identificação de proteínas nomeadamente por utilização de anticorpos e por espectrometria de massa.
Utilizar as diferentes ferramentas bioinformáticas que permitem integrar a informação proveniente de géis de electroforese.
Desenvolver competências que permitam aplicar as diferentes abordagens metodológicas no domínio da Genómica e Proteómica.

Conteúdo da unidade curricular:

Estratégias de sequenciamento de genomas (YACS, cosmídeos, enzimas de corte frequente); Mapeamento de genomas por métodos físicos (marcação e localização das extremidades dos cosmídeos ou YACS; Fish; Prins); Anotação génica e genómica comparativa; Construção de bibliotecas de cDNA (convencional, subtrativa e normalizada) e sequenciamento e análise do transcriptoma (ESTs e ORESTES); avaliação da expressão génica (Differential display, SAGE, RT- PCR, Microarrays, iRNA).
Conceitos gerais da Proteómica. Técnicas de processamento de amostras. Métodos de separação e detecção de proteínas: electroforese em gel de poliacrilamida (mono e bidimensional) em diferentes condições, cromatografias de exclusão molecular, troca iónica, afinidade, e fase reversa. Identificação de proteínas utilizando anticorpos e espectrometria de massa. Análise de dados obtidos de geis de eletroforese com ferramentas bioinformáticas. Análise e previsões estruturais das proteínas.

Bibliografia recomendada:

Chin H.R., Moldin S.O. (2001) Methods in Genomic Neuroscience. CRC Press.
Conn,P.M. (2003) Handbook of Proteomic methods. Humana Press
Debouck C., Goodfellow P.N. (1999) DNA microarrays in drug discovery and development. Nature Genet. 21, 48-50
Grigorenko E.V. (2001) DNA arrays. Technologies and experimental strategies. CRC Press.
Liebler D.C. (2002) Introdution to Proteomics. Humana Press, Totowa, N.J.
Lovric J. (2011) Introducing Proteomics: From concepts to sample separation, mass spectrometry and data analysis.Wiley-Blackwell Press, 1th edition.
Salemne F.R. (2003) Chemical genomics as an emerging paradigm for post genomic drug discovery. Pharmacogenomics 4, 257-267
Wilson K., Walker J. (2005). Principles and Techniques of Biochemistry and Molecular Biology. Sixth edition. Cambrige University Press. New York. USA


T = teóricas; TP = teórico-práticas; PL = ensino prático e laboratorial; TC = trabalho de campo; S = seminário; E = estágio; OT = orientação tutória;