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Bioinformática


Área Científica: Informática
Ano: 3º
Semestre: 1
Créditos: 6 ECTS
Horas de contacto: 30 T, 30 PL, 4 OT

Objectivos/Competências adquiridas:

No fim da unidade curricular o aluno deve ser capaz de: Desenvolver estratégias para a abordagem in silico de informação biológica.
Usar software e bases de dados de índole biológica.
Utilizar ferramentas bioinformáticas, de preferência de domínio público, para a análise e anotações de informação biológica.
Utilizar métodos estatísticos capazes de analisar grandes quantidades de dados biológicos e predizer estruturas e funções de biomoléculas.
Utilização da bioinformática na otimização de produções biotecnológicas.
Dominar ferramentas bioinformáticas que permitam modelação e simulação de proteínas para modificações funcionais.

Conteúdo da unidade curricular:

1. Tecnologia de bases de dados e obtenção de dados biológicos.
2. Bases de Dados Biológicas (ADN, ARN e proteínas).
3. Bioinformática na WWW.
4. Ferramentas de software para análise e predição de sequências biológicas.
5. Princípios de programação orientada à computação biológicas (Perl).
6. Análise de sequências: padrões, alinhamentos, perfis, motivos.
7. Modelos estatísticos e probabilísticos para análise e predição de genes.
- Modelos de Markov.
- Programação Dinâmica.
- Data Mining.
- Processo de extração de conhecimento.
8. Otimização.
- Redes Neuronais.
- CBR e Algoritmos Genéticos.
- Integração de Bases de Dados e Serviços Bionformáticos.
- Redes e computação de alto rendimento (computação paralela).
9. Microarrays.
10. Bioinformática e Filogenia.
11. Modelação e simulação computacional da estrutura e função das proteínas.

Bibliografia recomendada:

Baxevanis A. D., Ouellette B. F. F., 2004. Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins, Third Edition
Bourne P. E., Weissig H., 2003. Structural Bioinformatics.
Durbin R., Eddy S. R., Krogh A., Mitchison G., 2004. Biological Sequence Analysis : Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids, Cambridge University Press
Mount D. W., 2004. Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis
Neil C. J., Pavel A. P., 2004. An Introduction to Bioinformatics Algorithms (Computational Molecular Biology)
Tisdall J., 2001. Beginning Perl for Bioinformatics, O´Reilly Media Inc.


T = teóricas; TP = teórico-práticas; PL = ensino prático e laboratorial; TC = trabalho de campo; S = seminário; E = estágio; OT = orientação tutória;